Muhammad Afdillah es secretario y miembro del profesorado en el Departamento para el Estudio Comparativo de la Religión, en la Facultad de Ushuluddin y Filosofía de la Universidad Islámica Estatal de Sunan Ampel, Surabaya, Indonesia. Esta institución pertenece al Ministerio de Asuntos Religiosos de Indonesia. Afdillah tiene en su haber dos maestrías en Ciencias Sociales y Estudios Religiosos. En su alma mater enseña las materias de Historia de la religión, El islam en el Sudeste Asiático y Pluralismo religioso. Durante los últimos cinco años, su investigación se ha centrado en la paz y la violencia en las religiones, la regulación religiosa, la persecución religiosa y el estudio académico de la religión. Ha recibido diversas subvenciones como apoyo a sus investigaciones y estudios sobre estos temas, como, por ejemplo, el programa de intercambio de estudiantes Henry Luce y una beca del Ministerio de Asuntos Religiosos.

Además de llevar a cabo estas actividades académicas, también trabaja como secretario voluntario en el Departamento de Relaciones Internacionales de Muhammadiyah, en la Junta Provincial de Java Oriental. Allí ayuda en la organización de diálogos interreligiosos mensuales en la provincia de Java Oriental. En general, utiliza sus conocimientos y experiencia para asistir a académicos que trabajan en los ámbitos antes mencionados; ayuda a los funcionarios del gobierno en la formulación de políticas relacionadas con la religión y la sociedad, y el conflicto sociorreligioso; y presta apoyo a activistas y personas de ONG para ayudar a grupos minoritarios que se enfrentan a conflictos sociorreligiosos.